Mendeley 對於需要雲端參考文獻管理和 Word 增益集的學術研究者來說，是一個更容易入門且免費的選擇；而 EndNote 則更適合其機構、實驗室或出版商工作流程已依賴授權參考文獻管理工具的學術研究者。 兩者都能匯入參考文獻、整理 PDF 並在 Microsoft Word 中引用。選擇取決於成本、協作限制、機構相容性以及您對文獻庫工作流程的控制程度。
本比較採用目前的官方文件。對於稍後描述的證據工作流程，每個經 Ponder 輔助的結論都可以追溯到原始 PDF 頁面。Mendeley 和 EndNote 都無法僅透過格式化引用來使未經證實的解釋變得可信。
Mendeley 與 EndNote 概覽
| 決策點 | Mendeley Reference Manager | EndNote 2025 |
|---|---|---|
| 入門價格 | 免費帳戶 | 一次性完整美國授權 275 美元；學生 150 美元；升級 125 美元；30 天試用 |
| 免費儲存空間 | 2 GB 個人儲存空間加上 100 MB 共享群組儲存空間 | 授權產品包含雲端文獻庫；機構條款可能有所不同 |
| 免費協作 | 建立最多 5 個私人群組，每個群組最多 25 名成員 | EndNote 生態系統內的文獻庫共享和協作功能 |
| Word 工作流程 | Mendeley Cite 是一個獨立的 Word 增益集，並支援 Word Online | EndNote 2025 中的 Cite While You Write 加上 Word Online 支援 |
| Google Docs | 沒有與 Google Docs 相關的官方 Mendeley Cite 工作流程文件 | EndNote 2025 中新增了 Google Docs 支援 |
| 匯入路徑 | PDF 拖放、監控資料夾、DOI 查詢、BibTeX、RIS 和 EndNote XML | 匯入篩選器、線上搜尋、PDF 匯入和目前的 EndNote 整合 |
| 典型適用對象 | 希望免費、以雲端為中心的個人和小型團隊 | 有預算且有既定慣例的機構或出版商相關團隊 |
EndNote 的上述價格是一次性購買價格，而非年度學生費用。Mendeley 的免費群組和儲存限制是目前的支援值，並非無限協作承諾。
選擇 Mendeley 以獲得免費、以雲端為中心的工作流程
一個免費的 Mendeley 帳戶包含 2 GB 的個人儲存空間。愛思唯爾目前的支援文件也允許使用者建立最多五個私人群組，每個群組最多 25 名成員，並提供 100 MB 的共用群組儲存空間。這些限制足以應付一個小型閱讀群組或專案團隊，但實驗室在提交大量共用 PDF 收藏之前應先檢查這些限制。
Mendeley Reference Manager 以雲端為基礎。可以透過將檔案或資料夾拖曳到桌面應用程式中、匯入 BibTeX、RIS 或 EndNote XML、使用監控資料夾，或透過 DOI 查找記錄來新增來源。網路匯入器提供了另一種擷取路徑。這些功能使得研究人員從 PDF 資料夾轉換到結構化圖書館變得容易。
Mendeley Cite 是一個獨立的 Microsoft Word 增益集，可與 Word Online 配合使用。愛思唯爾不再開發舊版的 Mendeley Desktop 應用程式。版本 1.19.8 可能仍然可用，但公司警告說它將不會收到未來的更新，並且可能在後續作業系統變更後停止運作。因此，新的設定應以 Reference Manager 和 Mendeley Cite 為核心進行評估，而不是以舊的 Desktop 教學為核心。
選擇 EndNote 以獲得機構的延續性
EndNote 2025 的前期成本較高：官方美國頁面列出了完整授權 275 美元，學生 150 美元，升級 125 美元，所有這些都是一次性購買。提供 30 天試用期。根據 Clarivate 的條款，一個個人授權最多可以安裝在被授權人使用的三台電腦上。在付款之前，請檢查您的大學是否透過站點授權提供 EndNote。
當 EndNote 降低協調成本時，其價值最強。導師可能已經共用了一個 EndNote 圖書館；部門可能會教授它；或者出版商的工作流程可能會預設 EndNote 樣式和 Cite While You Write。當前的 2025 版本支援 Word Online 和 Google Docs 以及傳統的桌面 Word 工作流程，因此將其限制在桌面 Word 的比較已過時。
Clarivate 還宣傳了超過 6,000 種輸出樣式，其即時樣式查找器目前列出了超過 7,000 個結果。這種廣度對於專業期刊很有用。檢查生成的參考書目仍然至關重要，因為即使樣式本身是正確的，匯入的記錄也可能具有錯誤的項目類型、缺少頁碼範圍或作者姓名格式錯誤。
PDF、重複和協作：測試您的真實語料庫
這兩種產品都可以整理 PDF 並識別潛在的重複檔案。公開的比較文章經常聲稱某個工具具有「更好的重複資料刪除」功能，但如果沒有指定的資料集和可重現的測試，這種說法是站不住腳的。重複行為取決於標題、DOI、作者欄位和匯入歷史的品質。
使用您自己圖書館中最雜亂的 100 筆記錄進行小型測試。計算遺漏的重複項、錯誤匹配項以及合併後保留了多少元資料。對於系統性審查，請單獨審核匯入了多少筆記錄、作為重複項刪除了多少筆記錄、篩選了多少筆記錄以及排除了多少筆記錄。參考文獻管理器可以協助此過程，但它不能取代協議或篩選判斷。
協作也意味著不只邀請人員。檢查協作者是否可以存取附件、他們的儲存配額是否受到影響、衝突如何解決，以及如果團隊更換工具，最終的圖書館是否可以匯出。Mendeley 的免費方案發布了具體的群組限制。當機構已經管理存取和支援時，EndNote 可能更適合。
六步驟決策流程
- 檢查機構預設值。詢問圖書館、實驗室經理和主管，他們共用的圖書館和範本使用哪種工具。
- 為實際團隊定價。比較 Mendeley 公布的免費儲存空間和群組限制與任何 EndNote 網站授權或個人購買。
- 測試寫作環境。Mendeley Cite 支援 Word 和 Word Online；EndNote 2025 支援 Word、Word Online 和 Google Docs。
- 匯入相同的樣本。使用 PDF、DOI 查詢、RIS 以及您學科所依賴的任何資料庫匯出。
- 審核重複項和元資料。記錄錯誤，而不是依賴不受支援的通用排名。
- 在提交前匯出。確認參考文獻和附件可以移動到您的協作者可以重複使用的格式。
這兩種工具都無法完成的事情
Mendeley 和 EndNote 管理引文層。文獻回顧還需要證據層：哪些論文使用可比較的方法、哪些發現相互衝突、哪些人群缺失以及哪些限制在語料庫中重複出現。圖書館可以完美組織，而這種綜合仍未撰寫。
Ponder 是一個互補的 AI 研究工作區，用於該證據層。它可以幫助視覺化比較論文，並將結論與來源頁面連結起來。使用 Mendeley 或 EndNote 進行參考記錄和最終引文格式化；當困難的部分是解釋論文集體意味著什麼時，請使用綜合工作區。